На севере Японии климат умеренный, а на юге Японии — субтропический и тропический муссонный. Лето достаточно жаркое по всей Японии — от +30 С на севере до +38 С на юге. Летом выпадает максимальное количество осадков — от 700 мм. на севере, до 1200 — на юге, при этом влажность воздуха очень высока, часты тайфуны. Средняя температура зимой достаточно низкая — от -15 С на Хоккайдо, до — 5 на о. Хонсю и до +16 С на архипелаге Рюкю. При этом выпадает достаточно большое для столь южных широт количество снега.
Осадков на большей части Японии выпадает 1700-2000 мм. в год, на юге Японии — до 4000 мм.
Лучшее время для посещения островов Японии — весна (время цветения сакуры) и конец сентября — начало октября. В это время температура обычно не опускается ниже 17-20 С, а влажность воздуха несколько ниже (хотя весной часты холодные ветра с материка, а осенью — тайфуны).